值得注意的特殊案件管辖权问题有：
１、对于中华人民共和国缔结或者参加的国际条约所规定的罪行，中华人民共和国在所承担条约义务的范围内，行使刑事管辖权。这类案件，由被告人抓获地的中级人民法院管辖。
２、在中华人民共和国领域外的中国船舶内的犯罪，由犯罪发生后该船舶最初停泊的中国口岸所在地的人民法院管辖。
３、在中华人民共和国领域外的中国航空器内的犯罪，由犯罪发生后该航空器在中国最初降落地的人民法院管辖。
４、在国际列车上的犯罪，按照我国与相关国家签订的有关管辖协定确定管辖。没有协定的，由犯罪发生后列车最初停靠的中国车站所在地或者目的地铁路运输法院管辖。
５、中国公民在驻外的中国使（领）馆内的犯罪，由该公民主管单位所在地或者他的原户籍所在地的人民法院管辖。
６、中国公民在中华人民共和国领域外的犯罪，由该公民离境前的长期（一年以上）居住地或者原户籍所在地的人民法院管辖。
７、外国人在中华人民共和国领域外对中华人民共和国国家或者公民犯罪，依照刑法应受处罚的，由该外国人入境地的中级人民法院管辖。
８、发现正在服刑的罪犯在判决宣告前还有其他犯罪没有受到审判的，由原审人民法院管辖；如果罪犯服刑地或者新发现罪的主要犯罪地的人民法院管辖更为适宜的，可以由服刑地或者新发现罪的主要犯罪地的人民法院管辖。
正在服刑的罪犯在服刑期间又犯罪的，由服刑地的人民法院管辖。正在服刑的罪犯在脱逃期间的犯罪，如果是在犯罪地捕获并发现的，由犯罪地人民法院管辖，如果是被缉捕押解回监狱后发现的，由罪犯服刑地的人民法院管辖。
９、刑事自诉案件的自诉人、被告人一方或双方是在港、澳、台居住的中国公民或者单位的，由犯罪地的基层人民法院审判。
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